宇宙世紀0071年。脫離SIDE 3，慕佐自治共和國後3年。吉翁‧茲姆‧戴肯的遺孤卡斯巴爾跟阿爾黛西亞兄妹，與金巴‧拉爾一起逃往地球，並寄住在提亞波羅‧瑪斯家中，與愛德華、雪拉過著平穩的日子。而一直追踪他們的紮比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此時，SIDE 3將國名更改為吉翁自治共和國。扎比家不但掌握實權，整個支配體制也日漸鞏固，更開始著手開發對抗地球聯邦軍的最新兵器－機動工兵。
